Mengikuti upaya heroik agensi kripto-zoologi Monarch saat anggotanya berhadapan dengan sekumpulan monster seukuran dewa, termasuk Godzilla yang perkasa, yang bertabrakan dengan Mothra, Rodan, dan musuh bebuyutannya, Raja Ghidorah yang berkepala tiga. Ketika spesies super purba ini, yang dianggap hanya mitos belaka, bangkit kembali, mereka semua bersaing untuk mendapatkan supremasi, sehingga keberadaan umat manusia berada dalam bahaya.
