Setelah serangan Godzilla sebelumnya, perlombaan senjata mini pun terjadi untuk mengumpulkan sel-selnya. Khawatir dengan kemungkinan kembalinya Godzilla, pemerintah Jepang menggunakan sel tersebut untuk membuat senjata biologis baru, ANEB (Anti-Nuclear Energy Bacteria). Mereka mencari bantuan ahli genetika Genshiro Shiragami, yang eksperimennya menghasilkan mutasi baru.
