Agen J dan K kembali… tepat pada waktunya. J telah melihat beberapa hal yang tidak dapat dijelaskan selama 15 tahun bersama Men in Black, namun tidak ada yang lebih membingungkannya, bahkan alien sekalipun, dibandingkan dengan rekannya yang pendiam dan pemurung. Namun, ketika nyawa K dan nasib planet ini dipertaruhkan, Agen J harus melakukan perjalanan ke masa lalu untuk memperbaiki keadaan. J menemukan bahwa ada rahasia alam semesta yang tidak pernah diceritakan oleh K kepadanya – rahasia yang akan terungkap saat dia bekerja sama dengan Agen K muda untuk menyelamatkan rekannya, agensi, dan masa depan umat manusia.
