Ninja Assassin mengikuti Raizo, salah satu pembunuh paling mematikan di dunia. Diambil dari jalanan saat masih kecil, ia diubah menjadi pembunuh terlatih oleh Klan Ozunu, sebuah perkumpulan rahasia yang keberadaannya dianggap hanya mitos. Namun dihantui oleh eksekusi tanpa ampun temannya oleh Klan, Raizo melepaskan diri dari mereka dan menghilang. Sekarang dia menunggu, bersiap untuk membalas dendam.
